Trải qua 50 năm hình thành và phát triển đối với một đơn vị đầu ngành trong lĩnh vực của mình như Viện Kinh tế xây dựng chưa phải là dài nhưng cũng không phải chưa đủ bề dày thời gian. Với những gì mà Viện Kinh tế xây dựng đạt được trong suốt bốn thập kỷ qua đã khẳng định vị trí xứng đáng của mình trong lịch sử hình thành, phát triển của ngành xây dựng Việt Nam qua từng giai đoạn thăng trầm của lịch sử dân tộc.
05/1959
Một nhóm nghiên cứu định mức được thành lập trong Vụ Tổng hợp thuộc Cục Kiến thiết cơ bản - Uỷ ban Kế hoạch Nhà nước theo Quyết định 354-TTg của Thủ tướng Chính phủ. Năm 1973, Bộ Xây dựng được thành lập trên cơ sở hợp nhất Uỷ ban Kiến thiết cơ bản Nhà nước và Bộ Kiến trúc. Phần lớn cán bộ cũng như một số chức năng quản lý nhà nước về đầu tư và xây dựng cơ bản của V3 thuộc Văn phòng Kinh tế của Phủ Thủ tướng được chuyển về Bộ Xây dựng. Xuất phát từ yêu cầu nghiên cứu đề xuất cơ chế chính sách, phương pháp và hoạt động quản lý kinh tế trong các giai đoạn chuẩn bị và thực hiện dự án đầu tư xây dựng công trình của Bộ Xây dựng, cần thiết phải có lực lượng nghiên cứu khoa học quản lý tương xứng, do đó, ngày 18/4/1974, Viện Kinh tế xây dựng chính thức được thành lập theo Quyết định số 654/BXD của Bộ trưởng Bộ Xây dựng trên cơ sở Vụ Kinh tế Xây dựng.
Từ 1974 đến 1988
Thời kỳ đầu thành lập, lực lượng cán bộ của Viện trên dưới 60 người. Bộ máy tổ chức của Viện được sắp xếp theo chế độ các Phòng chuyên môn, thực hiện công tác nghiên cứu và phục vụ quản lý theo các nghiệp vụ kinh tế xây dựng và cơ chế quản lý đầu tư xây dựng.
Sau khi miền Nam hoàn toàn giải phóng, thống nhất đất nước, kế hoạch cải tạo, khôi phục và phát triển kinh tế xã hội bắt đầu với nhiều công trình xây dựng quy mô lớn. Do đó, yêu cầu tăng cường quản lý vốn đầu tư của Nhà nước đã trở thành xu thế phát triển tất yếu và cần được pháp chế hoá. Trước tình hình đó, năm 1979 Uỷ ban Xây dựng cơ bản Nhà nước được thành lập, Viện Kinh tế Xây dựng thuộc Bộ Xây dựng được chia thành 2 đơn vị: Viện Kinh tế Xây dựng cơ bản trực thuộc Uỷ ban Xây dựng cơ bản Nhà nước và Viện Kinh tế Xây dựng trực thuộc Bộ Xây dựng.
Từ 1988 đến 1996
Sau 9 năm tồn tại 2 Viện, đến năm 1988, thực hiện chủ trương của Chính phủ, Bộ Xây dựng (mới) được thành lập trên cơ sở hợp nhất Uỷ ban Xây dựng cơ bản Nhà nước và Bộ Xây dựng (sau 1978). Theo đó, 2 Viện cũng được hợp nhất thành Viện Kinh tế Xây dựng (1988) cho đến ngày nay.
Từ 1996 đến nay
Đến năm 1996, thực hiện việc tổ chức lại mạng lưới các cơ quan nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ, Viện Kinh tế Xây dựng đã được chính thức sắp xếp vào danh sách các cơ quan nghiên cứu - triển khai khoa học và công nghệ của Nhà nước trực thuộc Bộ Xây dựng (trong số 41 Viện trực thuộc các Bộ, trừ lĩnh vực an ninh, quốc phòng) theo Quyết định số 782/TTg ngày 24/10/1996 của Thủ tướng Chính phủ.
Chức năng, nhiệm vụ từng thời kỳ của Viện Kinh tế Xây dựng luôn gắn với chức năng, nhiệm vụ của Bộ Xây dựng và yêu cầu đổi mới quản lý kinh tế và thị trường phục vụ quản lý nhà nước ngành Xây dựng.
Để phù hợp với chức năng nhiệm vụ của Bộ Xây dựng tại Nghị định số 52/2022/NĐ-CP của Chính phủ và đáp ứng yêu cầu mới, Bộ trưởng Bộ Xây dựng đã ban hành Quyết định số 1449/QĐ-BXD ngày 30/12/2022 quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Viện Kinh tế xây dựng. Theo đó, vị trí, chức năng của Viện tiếp tục được khẳng định là Viện Kinh tế xây dựng là đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Bộ Xây dựng, thực hiện các chức năng: nghiên cứu chiến lược và cơ chế, chính sách về kinh tế và thị trường trong hoạt động đầu tư xây dựng, nghiên cứu khoa học, thông tin, đào tạo, hợp tác quốc tể và thực hiện các hoạt động tư vấn về kinh tế và thị trường trong các lĩnh vực quản lý nhà nước của Bộ, bao gồm: quy hoạch xây dựng, kiến trúc; hoạt động đầu tư xây dựng; phát triền đô thị; hạ tầng kỳ thuật; nhà ở; công sở; thị trường bắt động sản; vật liệu xây dựng và các dịch vụ công.