1. Văn phòng
2. Phòng Nghiên cứu Chiến lược và cơ chế quản lý kinh tế ngành (gọi tắt là Phòng Cơ chế)
3. Phòng Nghiên cứu Giá và thị trường xây dựng (gọi tắt là Phòng Giá xây dưng)
4. Phòng Nghiên cứu Chỉ tiêu, định mức kinh tế - kỹ thuật (gọi tắt là Phòng Định mức)
5. Phòng Nghiên cứu Kinh tế đầu tư xây dựng (gọi tắt là Phòng Đầu tư)
6. Phòng Nghiên cứu Kinh tế phát triển đô thị (gọi tắt là Phòng Đô thị)
7. Phòng Nghiên cứu Kinh tế hạ tầng kỹ thuật (gọi tắt là Phòng Hạ tầng)
8. Phòng Nghiên cứu Kinh tế xây dựng nước ngoài (gọi tắt là Phòng Nước ngoài)
9. Phòng Kế hoạch và quản lý khoa học
10. Phòng Tài chính - Kế toán
11. Trung tâm Thông tin
12. Trung tâm Đào tạo và hợp tác quốc tế
13. Trung tâm Tư vấn kinh tế đầu tư xây dựng
14. Trung tâm Tư vấn định giá và kiểm toán đầu tư xây dựng
15. Trung tâm Kinh tế xây dựng miền Trung
16. Phân viện Kinh tế xây dựng miền Nam
17. Viện Kinh tế nhà ở và thị trường bất động sản
18. Tạp chí Kinh tế xây dựng.